ארגון טרור פלשתיני קטן יחסית, בעל אידאולוגיה איסלאמית קיצונית, המשלב קנאות דתית וקיצוניות לאומית. הארגון רואה את הטרור ככלי בלעדי לקידום יעדיו, ובראשם חיסולה של מדינת ישראל והקמת מדינת הלכה איסלאמית פלשתינית בכל שטח "פלשתין".
יש לציין, כי ארגון חשוב זה הינו הראשון המהווה חלופה דתית אידאולוגית למאבק בישראל בניגוד לאש"ף החילוני.
הג'יהאד האיסלאמי ביצע במהלך העימות הנוכחי שורה של פיגועי התאבדות רצחניים, ששיאם הפיגוע במסעדת "מקסים", כמו כן הג'יהאד עומד גם מאחורי פיגוע אופני התופת בנצרים (1994) ופיגוע ההתאבדות בבית ליד (1994). הג'יהאד האיסלאמי לא קורא לעצמו "תנועה". בניגוד לחמא"ס אין לו אחיזה רחבה בקרב האוכלוסייה הפלשתינית ובמהותו הינו ארגון ולא תנועה עממית רחבה.
פעילי הארגון קושרים על מצחם סרט צהוב-שחור, בשונה מארגונים איסלאמיים אחרים שדבקים בצבע הירוק של האיסלאם. הג'יהאד האיסלאמי מוגדר כארגון טרור על ידי ארצות הברית והאיחוד האירופי. הרשות הפלסטינית נמנעה בדרך כלל מלהתעמת עם הג'יהאד האיסלאמי ואפשרה בכך את התחזקותו של ארגון זה.
לאירגון תלות רבה בגורמים חיצוניים: מפקדתו, בראשות ד"ר רמדאן שלח, ממוקמת בדמשק והפעילות מתנהלת גם מלבנון. איראן הפטרונית הראשית של הארגון, מעניקה לג'יהאד האיסלאמי סיוע כספי (מממנת כמעט את כל תקציבו) ומשתמשת בו כמנוף להסלמת הטרור בשטחים תוך טישטוש "טביעת האצבע" האיראנית.