ישנן ערכות מגן מיוחדות שמיועדות לאוכלוסיה עם מגבלות או בעיות רפואיות. ערכות אלה ניתנות רק לאזרחים שקיבלו אישור ועדה רפואית של פיקוד העורף. ערכות אלה מיועדות לאוכלוסיה מוגבלת כגון: פיגור שכלי, אוטיסטים, או לבעיות רפואיות חריגות כגון: מונשמי גרון. אזרחים אחרים הסובלים מבעיות רפואיות שכיחות כגון: אסטמה, רגישות לגומי וכו' יקבלו ערכת מגן מיוחדת המותאמת למגבלתם הרפואית.