בנובמבר 2003 הוקמה פלוגת החילוץ וההצלה הראשונה פלוגת שביט, אחריה במרץ 2004 הוקמה פלוגת חץ ובאוגוסט 2004 הוקמה פלוגת החילוץ וההצלה השלישית והאחרונה פלוגת רותם.
בתחילה הפלוגות היו נפרדות ואף כל פלוגה הייתה משויכת למחוז אחר בפקע"ר וביצעה תעסוקה מבצעית נפרדת תחת גדודים שונים בגזרות שונות.
במהלך מלחמת לבנון השניה עם תחילת הלחימה הופעלו שלושת הפלוגות בפעילויות שונות כגון כוננות חילוץ מארועי הרס וחומ"ס משימות במרכז הארץ והן השתתפות במבצעים שנערכו ברצועת עזה. לאחר מלחמת לבנון השניה הוחלט שיש צורך לבסס את הפיקוד בשליטה בפלוגות ולחברם יחד ולהקים גדוד סדיר. גדוד שחר הוקם ב4.9.2008
מאז הקמת הגדוד גדוד שחר זכה לשבחים רבים, זכה בגדוד מצטיין באוגדת איו"ש לשנת 2009, ואף היה מועמד לגדוד מצטיין של הרמטכ"ל. בנוסף הגדוד זכה במקום שלישי בכושר קרבי צה"לי, מקום שני בירי לאחר מאמץ ובמקום שלישי בקרב מגע צה"לי.
עקב ההצלחות הרבות וצורך מבצעי בגדוד חילוץ הצלה ואב"ך והצורך בלוחמים איכותיים הוחלט על הקמה של גדוד נוסף, גדוד קדם שמבצע תפקיד זהה לגדוד שחר.